Сегодня это один из крупнейших научно-исследовательских институтов СНГ. НИИ КрАО тесно связан с расположенной рядом Крымской лабораторией Государственного астрономического института им. П. К. Штернберга. Всего на территории обоих учреждений насчитывается более 20 телескопов, почти все ведут постоянные наблюдения небесных объектов. В частности, в обсерватории расположены зеркальный телескоп имени Шайна (с зеркалом диаметром 2,6 м) и башенный солнечный телескоп (с зеркалом 0,9 м), которые являются одними из крупнейших астрономических инструментов в Европе.